Από το 1996, η ATKOSoft συμμετέχει στην εκπόνηση Έργων της Ευρωπαϊκής Ένωσης.

Τα έργα αυτά, που προκηρύσσονται από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή, στοχεύουν στην εξειδικευμένη θεματική έρευνα, η οποία οφείλει να καταλήξει σε προϊόν για την αγορά.  Τα έργα αναλαμβάνονται από μεγάλα διευρωπαικά και πολυεθνικά consortia, που περιλαμβάνουν Δημόσιους Οργανισμούς, ενώσεις χρηστών που παρέχουν την θεματική γνώση, οργανισμούς που αναλαμβάνουν την χρήση και δοκιμή των έργων (πχ. Νοσοκομεία, Δημόσιοι Οργανισμοί παροχής υπηρεσιών Υγείας κλπ.) καθώς και παροχείς τεχνολογίας στους θεματικούς τομείς στους οποίους απευθύνεται το έργο  (πχ. εταιρείες Ανάπτυξης Λογισμικού, Εταιρείες και Οργανισμούς τηλεπικοινωνιών κλπ).

Τα Consortia των έργων διοικούνται από τον κύριο Ανάδοχο (Prime Contractor), του οποίου τα καθήκοντα (πέραν της συγκεκριμένης συμμετοχής του) εκτείνονται στην πλήρη διαχείριση του έργου (συντονισμός καθηκόντων όλων των συμμετεχόντων, ανάπτυξη της Τεχνολογικής Στρατηγικής, οικονομική διαχείριση του έργου, παρακολούθηση, συντονισμός και έγκριση των παραδοτέων κλπ).

Η ATKOSoft είναι ο κύριος Ανάδοχος  και ο υπεύθυνος για την ανάπτυξη εφαρμογών Λογισμικού σε πολλά από τα πλέον σημαντικά Ευρωπαικά έργα που έχουν σχέση με Ιατρική Πληροφορική, Τηλεϊατρική και Στατιστική, μέσω των οποίων τα αντίστοιχα προϊόντα της αναπτύχθηκαν, εξελίσσονται και χρηματοδοτούνται, με συνολικό προϋπολογισμό περίπου 15εκ. EURO. Η ATKOSoft αναγνωρίζεται σήμερα από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή σαν μια από τις σημαντικότερες εταιρείες ανάληψης τέτοιων έργων, και βραβεύθηκε με το Ευρωπαϊκό Βραβείο τεχνολογίας ( European IT Prize) για την Σειρά Εφαρμογών aMedLineã ,

Η ATKOSoft μετέχει επίσης σαν παροχέας τεχνολογίας σε παρόμοια έργα στους ίδιους τομείς.